Для того чтобы найти Пользовательский элемент на странице достаточно воспользоваться методом FindControl текущей страницы.

test.ascx

<%@ Control language="c#" %>
<h1>Sample Control</h1>
<hr>

test.aspx

<% @ Page language="c#" %>
<% @ Register tagprefix="uc" tagname="myControl" Src="test.ascx"%>

<script runat="server">
  void OnToggleButtonClick(object sender, EventArgs e) {
    test_ascx MyControl = (test_ascx)FindControl("_myControl");
    MyControl.Visible = !MyControl.Visible;
  }
</script>


<form runat="server" id="_myForm">
  <uc:myControl id="_myControl" runat="server"/>
  <asp:Button runat="server" Text="Toggle User Control" OnCLick="OnToggleButtonClick"/>
</form>

Примечание: Если вы пользуетесь CodeBehind файлами, то для того чтобы получить доступ к статическому пользовательскому элементу управления, вам достаточно добавить protected или public поле с именем, аналогичным ID этого элемента управления и осуществлять доступ через него.